MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB4

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008389	ACA	2	6	127	132	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008389	CGG	2	6	179	184	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008389	AGA	2	6	203	208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008389	GATC	2	8	296	303	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_008389	CCT	2	6	502	507	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_008389	TTC	2	6	547	552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008389	G	6	6	554	559	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008389	CAGAC	2	10	639	648	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_008389	ACA	2	6	718	723	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008389	GAT	2	6	757	762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008389	GA	3	6	826	831	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008389	ATG	2	6	898	903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345713
13	NC_008389	G	6	6	970	975	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008389	ACCT	2	8	1034	1041	25 %	25 %	0 %	50 %	115345714
15	NC_008389	GGA	2	6	1057	1062	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345714
16	NC_008389	CGG	2	6	1121	1126	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345714
17	NC_008389	GA	3	6	1335	1340	50 %	0 %	50 %	0 %	115345714
18	NC_008389	TC	3	6	1360	1365	0 %	50 %	0 %	50 %	115345714
19	NC_008389	TG	3	6	1370	1375	0 %	50 %	50 %	0 %	115345714
20	NC_008389	AGT	2	6	1601	1606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008389	A	6	6	1617	1622	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008389	CTT	2	6	1890	1895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345715
23	NC_008389	GAT	2	6	1927	1932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345715
24	NC_008389	TCT	2	6	2075	2080	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345715
25	NC_008389	CAGC	2	8	2085	2092	25 %	0 %	25 %	50 %	115345715
26	NC_008389	GAA	2	6	2103	2108	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345715
27	NC_008389	GA	3	6	2114	2119	50 %	0 %	50 %	0 %	115345715
28	NC_008389	CGTT	2	8	2133	2140	0 %	50 %	25 %	25 %	115345715
29	NC_008389	CG	3	6	2145	2150	0 %	0 %	50 %	50 %	115345715
30	NC_008389	ACC	2	6	2242	2247	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345715
31	NC_008389	A	6	6	2262	2267	100 %	0 %	0 %	0 %	115345715
32	NC_008389	TCG	2	6	2291	2296	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345715
33	NC_008389	CAGG	2	8	2299	2306	25 %	0 %	50 %	25 %	115345715
34	NC_008389	AGG	2	6	2318	2323	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345715
35	NC_008389	GGC	2	6	2330	2335	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345715
36	NC_008389	GGT	2	6	2349	2354	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345715
37	NC_008389	TCTG	2	8	2355	2362	0 %	50 %	25 %	25 %	115345715
38	NC_008389	GC	3	6	2373	2378	0 %	0 %	50 %	50 %	115345715
39	NC_008389	GCG	2	6	2474	2479	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345715
40	NC_008389	AGA	2	6	2483	2488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345715
41	NC_008389	GCA	2	6	2528	2533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345715
42	NC_008389	C	6	6	2537	2542	0 %	0 %	0 %	100 %	115345715
43	NC_008389	ATC	2	6	2572	2577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345715
44	NC_008389	GAT	2	6	2620	2625	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345715
45	NC_008389	CG	3	6	2715	2720	0 %	0 %	50 %	50 %	115345715
46	NC_008389	ATGG	2	8	2757	2764	25 %	25 %	50 %	0 %	115345715
47	NC_008389	ACA	2	6	2841	2846	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345715
48	NC_008389	GC	3	6	2941	2946	0 %	0 %	50 %	50 %	115345716
49	NC_008389	TC	3	6	2970	2975	0 %	50 %	0 %	50 %	115345716
50	NC_008389	CGA	2	6	3061	3066	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345716
51	NC_008389	TCT	2	6	3093	3098	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345716
52	NC_008389	GAT	2	6	3103	3108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345716
53	NC_008389	GCG	2	6	3141	3146	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345716
54	NC_008389	GAC	2	6	3174	3179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345716
55	NC_008389	CCG	2	6	3276	3281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345716
56	NC_008389	TTC	2	6	3294	3299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345716
57	NC_008389	TTG	2	6	3368	3373	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345716
58	NC_008389	CAC	2	6	3387	3392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345716
59	NC_008389	TC	3	6	3447	3452	0 %	50 %	0 %	50 %	115345716
60	NC_008389	CG	3	6	3486	3491	0 %	0 %	50 %	50 %	115345716
61	NC_008389	C	6	6	3548	3553	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
62	NC_008389	GC	3	6	3560	3565	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008389	CTT	2	6	3575	3580	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008389	TCT	2	6	3613	3618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008389	TCC	2	6	3657	3662	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_008389	CGG	2	6	3763	3768	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008389	GAT	2	6	3797	3802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008389	CCAC	2	8	3803	3810	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
69	NC_008389	T	7	7	3842	3848	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008389	TCG	2	6	3862	3867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008389	CTGC	2	8	3892	3899	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008389	TA	3	6	4045	4050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008389	AAGGA	2	10	4287	4296	60 %	0 %	40 %	0 %	115345717
74	NC_008389	AAG	2	6	4313	4318	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345717
75	NC_008389	CGG	2	6	4471	4476	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345717
76	NC_008389	GTC	2	6	4532	4537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345717
77	NC_008389	TGC	2	6	4587	4592	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345717
78	NC_008389	GACC	2	8	4606	4613	25 %	0 %	25 %	50 %	115345717
79	NC_008389	TTC	2	6	4686	4691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_008389	GCC	2	6	4726	4731	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_008389	GA	3	6	4867	4872	50 %	0 %	50 %	0 %	115345718
82	NC_008389	GTT	2	6	4874	4879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345718
83	NC_008389	TTG	2	6	4887	4892	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345718
84	NC_008389	AAC	2	6	5025	5030	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345718
85	NC_008389	AC	3	6	5047	5052	50 %	0 %	0 %	50 %	115345718
86	NC_008389	CTG	2	6	5073	5078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008389	CTT	2	6	5186	5191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008389	TG	3	6	5210	5215	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008389	CA	3	6	5273	5278	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008389	TGAA	2	8	5434	5441	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008389	GC	3	6	5449	5454	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008389	ACG	2	6	5577	5582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008389	CCG	2	6	5644	5649	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_008389	GGC	2	6	5752	5757	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.